视线回到1966的地球。
天道和艾因带着神秘陨石回到基地没多久，黑暗加勃拉就出现了，地点在华夏沿海的铀矿区。
这是怪兽第一次出现在华夏的土地上，立刻引发了巨大的骚乱。
在队长史爱民的命令下，秋名山和汉升驾驶威托1号，天道和艾因驾驶威托2号，前往事故现场。
不出意外，威托1号和威托2号都被黑暗加勃拉击落。
天道迫不得已变身光之巨人天道迎战黑暗加勃拉。
黑暗加勃拉的弱点非常的明显，就是脑袋。平时，黑暗加勃拉的脑袋会隐藏在首鳍之中。当遇到危险的时候，黑暗加勃拉才会露出自己的大脑袋，从嘴里发射放射性光线保命。不过这样做的后果就是，会把自己的弱点暴露在外。
天才艾因一眼就识破了黑暗加勃拉的弱点，指点光之巨人天道轻松消灭了黑暗加勃拉。
接下来，地球迎来了一段宝贵的和平时间。
不过和平的时光永远是短暂的。
这一天，科学特别搜查队岛国分部迎来了超级大挑战。
岛国的某位变态 作死砖家偷偷挖开了一座古代墓穴，发现了黑暗木乃伊怪人，并且意外激活了木乃伊怪兽黑暗多通戈。
祸不单行，油兽黑暗贝斯塔、蛤蜊怪兽黑暗加玛库基拉、二次元怪兽黑暗加巴顿也同时现身岛国沿海地区。
秋名山、汉升和天道前脚刚离开，华夏分部就遇到了一点儿小麻烦。
戴素提尼从大气层外掉落下的那颗宝石，被一个流浪汉发现，经过一连串的意外，变异成了脑波怪兽阳戈。
脑波怪兽阳戈突兀的出现在华夏的内陆地区，引发了人们巨大的恐慌。
脑波怪兽阳戈实力强劲，几乎无敌，战斗的时候全靠想象。科学特别搜查队华夏分部用尽了所有的手段，都无法击败脑波怪兽阳戈。
最后，幸亏戴素提尼及时发现异常，拿回了宝石，才避免了大规模的破坏。也是因为这次事件，让天道意外发现了躲藏在地球大气层外的戴素提尼。
与此同时，在科学特别搜查队华夏分部的帮助下，战斗有序进行。
木乃伊怪兽黑暗多通戈死在了光之巨人天道的斯派修姆光线之下。
油兽黑暗贝斯塔被伊出光弘发明的超级火焰喷射器活活烧死。科学特别搜查队岛国分部战绩 1。
蛤蜊怪兽黑暗加玛库基拉被艾因发明的简易版鱼叉枪打成了一堆泡沫。科学特别搜查队华夏分部战绩 1。
爱好睡觉、人畜无害的二次元怪兽黑暗加巴顿，被初代强行送到了宇宙之中。
天道和早田进勾肩搭背，基情满满。
联谊会结束，秋名山、艾因和天道驾驶威托1号返回科学特别搜查队华夏分部。
接下来，又有两个敌人同时登场。
科学特别搜查队岛国分部将面对黑暗巴尔坦星人二代目的复仇。
科学特别搜查队华夏分部将面对一个实力恐怖的对手——四次元怪兽黑暗布鲁顿。
严格说起来，四次元怪兽黑暗布鲁顿的出现是科学特别搜查队华夏分部的人自作自受，自己弄出来的。
天道和艾因从中东某国带回来的神秘陨石，被艾因使用物理手段强行破开，而四次元怪兽黑暗布鲁顿就躲藏在其中！
四次元怪兽黑暗布鲁顿，可以使用四次元光线、奇异闪光、空洞门等超能力，进可攻，退可守，看起来完全无懈可击。
天道第一时间变身光之巨人天道，迎战四次元怪兽黑暗布鲁顿。
四次元怪兽黑暗布鲁顿根本没将天道放在眼里，使用空洞门技能，将光之巨人天道送到三次元世界和四次元世界的时空缝隙里旅行了一圈又一圈。战斗开始以后，光之巨人天道甚至连四次元怪兽黑暗布鲁顿的边都没有碰到。
在时空缝隙旅行的时候，光之巨人天道见到了不少熟悉又陌生的场景，尘封已久的记忆似乎有所松动。
旅行途中，光之巨人天道甚至还遇到了一次危险。
在四次元世界的某个时空缝隙里，光之巨人天道和混沌神殿的混沌之主楚结名擦肩而过。幸好楚结名没有认出来光之巨人天道就是天道，只把他当做是一个过客，并没有放在心上。如果楚结名知道了天道还活着，肯定会再次下狠手，置天道于死地。
面对无赖又无敌的四次元怪兽黑暗布鲁顿，光之巨人天道毫无还手之力。
最后，是戴素提尼看不下去了，暗中出手相助，封闭了四次元怪兽黑暗布鲁顿拥有的超能力，才让光之巨人天道有机可乘，使用斯派修姆光线秒杀了四次元怪兽黑暗布鲁顿。
戴素提尼的举动并没有得到天道的感谢。
“戴素提尼这个混蛋，明明有能力秒杀怪兽，却非要等着看我笑话。戴素提尼，你以后最好别让我抓到把柄，否则要你好看！”
接下来又同时出现了两个敌人，一个是从不远万里，从宇宙来到华夏，想要陷害天道和光之巨人天道的凶恶宇宙人黑暗扎拉布星人，另一个是生活在岛国死火山大武山的毒气怪兽黑暗凯姆拉。
本来应该现身岛国的火焰怪兽巴尼拉和泡沫怪兽阿勃拉斯，此时还没有感染神秘的光之病毒，被戴素提尼抢先一步收走去做实验，最后连同其他的实验材料一起被打包送到了某个平行宇宙。（PS：戴素提尼这个坑货将这俩货随手送到了迪迦宇宙，就是楚心一开始变身光之巨人就社死的那个迪迦宇宙。这也就解释了为什么那个迪迦宇宙里会出现那么多不属于迪迦宇宙的怪兽和宇宙人，都是该死的戴素提尼惹的祸。）
除了火焰怪兽巴尼拉和泡沫怪兽阿勃拉斯，高原龙黑暗希多拉也没有现身。
黑暗希多拉是在交通事故中不幸身亡的武藤明的化身。神秘的光之病毒虽然感染了黑暗希多拉，但是却小看了武藤明的信念。为了保护地球，武藤明凭借自己强大的信念，克服了神秘的光之病毒的影响，自我毁灭，让黑暗希多拉永远的消失在了地球上。黑暗希多拉还没有来得及现身大搞破坏就无疾而终了。这件事情只有戴素提尼一个人知道。
戴素提尼被武藤明悍不畏死、舍己为人的精神所感动，暗中出手帮助武藤明转世重生，不过这就是另外一个故事了。