话说这边明晖同学跟朱蒂算是谈好了合作，他悠哉悠哉往家走的时候，却并不知道某个非常能作死的大侦探，在不久之后，又给他惹出了大麻烦。
由于办完案子已经挺晚了，所以说他回阿笠博士家的时候天也已经完全黑了。他回去的时候阿笠博士已经睡着了，但是他完全没想到的是小哀一直在等他回来，就像一个等待丈夫回家的小媳妇儿一样。
“小哀，我……”他想说些什么。
“好了，回来了就好，我给你热了博士做的饭菜。”她确实是很在意他的，她骗不了自己。
吃完饭之后，他跟小哀说：“傻瓜，为什么这么晚了还等着我，是担心我吗？”
“我只是怕你被别的女人人拐走不要我了。”
“明明那么在意，还一副无所谓的样子。想问什么就问吧，任何事情我都不会骗你。”
“你跟那个女老师说了什么？不方便的话就算了。”一如既往的傲娇。
“也没什么，就是她可能已经知道大侦探的真实身份了。”
“啊？那怎么办？”这句话一说，小哀瞬间脸色不好看了，因为柯南是工藤新一这件事是绝对不能被其他人知道的。
“放心，她是FBI的人，她们跟组织也是敌对势力，所以说可以争取一下合作对付组织。”
“那你就是为了这件事才留在那里的？”
“不然呢？你觉得如果不是这件事的话，我会跟你分开这么长时间吗？”
“那好吧，这次就算了。”
“谢谢你，小哀。如果有一天我出事的话，证人保护计划，一定能保护好你的。”当然这些他并没有说出来。
话说在那之后，阿笠博士带着少年侦探团六个人去看足球比赛，柯南借助阿笠博士帮忙，成功破了疯狂的足球迷杀人案。
三小只目睹了杀人现场之后找到柯南和明晖同学以及小哀帮忙，经过一系列调查之后在一片森林里找到了死者的尸体。明晖同学在凶手拿着铁锹的情况下跳起来一脚踢中他的肚子，然后警察就把凶手带走了。
柯南和小兰跟毛利大叔出去的时候，正好车没油了。第二天发生了一件不可能犯罪的杀人案，当然还是柯南一针放倒毛利大叔破了案子。
另外就是柯南他们去餐厅吃饭的时候，坐在柯南旁边的川端四郎被毒杀了，然后小兰想起了当初见到莎朗以及工藤有希子和赤井秀一的事。
后来由于光彦早上没去学校，阿笠博士带着大家去找他。直到后来听群马县警山村警官说连续杀人犯沼渊己一郎逃进森林里的时候，小哀跟他说了这个沼渊己一郎是组织里的人，而且身手应该不错，为了不让他被抓住，明晖同学带着小哀提前去找他。当然阿笠博士带着柯南他们是根据一系列的线索去找光彦的。
“听到沼渊己一郎这个名字，我才想起来自己看过他的资料。看来我越来越习惯这种平静的生活了。”
“这样不好吗？事情结束之后我们结婚，然后让阿笠博士帮忙带孩子怎么样？”
“可是……我………还不知道能不能活到事情结束。等一下，谁要跟你生孩子了？”小哀瞬间脸色通红。
终于他们两个找到了树上的沼渊己一郎，然后柯南他们也发现了在抓萤火虫的光彦。
“你想放他离开？为什么？”
“你应该看到过他的身体数据对吧？我觉得他会是一个帮手。”
柯南本能的感觉明晖同学有点问题，他平时是不会对一个杀人犯这么感兴趣的。
“我说你们两个是不是有什么瞒着我？”
“这个嘛，沼渊己一郎，我想放他走，然后易容之后把他放在身边。”
“这样好吗？他是个杀人犯。”
“你或许不知道他是酒厂里的人，而且身体数据还不错。我是在想把他留下来保护好阿笠博士和小兰她们。”
“可以，不过你要保证他不会再随便杀人。”一向有正义感的大侦探第一次松口了，他只是为了保护好小兰。
经过明晖同学跟沼渊己一郎“友好”的交流之后，他同意了加入，但是如果是跟酒厂发生大规模战斗的话他是不参与的，而且不能再追究他杀人的事。
跟他说了工藤新一家宅子的地址之后，他还特意嘱咐一句：“小心点，千万不要被人盯上。到那里之后我会帮你易容。”
“你觉得他可靠吗？”
“他是从组织里逃出来的，只不过他说的话没多少人相信而已。为什么他不可靠呢？他心里多少有一些复仇的念头。你放心吧，不然你这个大侦探又不会什么功夫，而且现在是小孩子。你觉得他们那些人想对付毛利大叔的话，小兰一个人能挡得住吗？而且狙击枪可不是那么容易躲过的。”
后来明晖同学在工藤家宅子里给沼渊己一郎易容了，然后改了个名字叫独孤夜。他平时被明晖同学安排在了山上的蓝色古堡里。
托光彦的福，明晖他们也看到了难得一见的萤火虫，它们在并不长久的生命中努力散发着光芒。
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