赤井明晖：赤井秀一和秀吉的弟弟。身手跟他哥赤井秀一差不多的日本公安成员。黑衣组织成员，代号卡慕（Camus）
特长：身手敏捷，洞察力强，沉着冷静。他学过空手道，截拳道以及柔道。跟初代怪盗基德学习过伪装和变声。
赤井秀一（冲矢昴）：前期是充满神秘感的FBI搜查官，后期是充满神秘感的研究生兼FBI探员。秀一具有极强的狙击能力、推理能力和情报搜集分析能力，同时拥有一流的车技。加入FBI后奉命卧底黑衣组织，凭自己的努力得到了Rye（黑麦威士忌）的代号。
羽田秀吉：身份：赤井秀一的弟弟，赤井明晖他哥。秀吉是一名将棋棋手，拥有“太阁名人”之称。
特长：棋艺，擅长推理和速记。
赤井玛丽赤井务武：身份：MI6特工。
特长：玛丽具有敏锐的洞察力，推理能力极强，身手矫健，格斗力强，同时也有较强的记忆能力。
由此可见，秀一，秀吉，明晖和世良是传承了父母的优良血统。关于赤井务武，基本都是在回忆中出现，实力当然也不可小觑，否则，“黑衣组织”里的人也不会对赤井务武那么忌惮。
世良真纯：
身份：高中生女侦探。赤井秀一三兄弟的亲妹妹。跟玛丽没嫁人前的姓氏世良。
特长：推理，截拳道。
江户川柯南：原本是高中生侦探工藤新一，被琴酒灌药变小。擅长推理，情商不高。会开飞机，开车，开枪，开船。
工藤优作：工藤新一父亲，世界著名推理小说家，其推理能力在工藤新一之上。
藤峰有希子：工藤新一母亲，女明星，曾经跟初代怪盗基德学习过伪装和变声技巧。
毛利兰：年龄为16岁，曾毕业于帝丹小学和帝丹初中，现为帝丹高中二年B班的学生。是帝丹高中空手道部的主将，曾经在全国高中空手道关东大赛中获得冠军。居住在位于东京都米花町5丁目39番地1号的毛利侦探事务所。父亲是私家侦探毛利小五郎，母亲是律政界女王妃英理，青梅竹马兼男友是高中生侦探工藤新一。
毛利小五郎：毛利小五郎，年龄为38岁。曾就学于帝丹小学、帝丹高中及米花大学，并曾就读于警视厅警察学校。
曾是警校中的“神枪手”，毕业后进入警视厅工作，原在警视厅搜查一课纵火犯搜查一组，后调至警视厅刑事部搜查一课强行犯搜查三系。后于10年前因经历某起案件而引咎辞职，改行做私家侦探。家在东京都米花町5丁目39番地1号毛利侦探事务所。与妻子妃英理分居，和女儿毛利兰居住在一起，后来江户川柯南也借住在其家中。
琴酒（Gin）:
反派角色，黑衣组织重要成员。经常和伏特加一起出现。身穿黑色风衣，银色(早期为金色)长发，脸总被帽子和刘海半遮掩着，左撇子。冷酷残忍，头脑冷静，眼神冷厉，似乎可以毫不犹豫地杀死任何人。经常执行各种暗杀和清除组织内奸的任务，是给工藤新一灌下APTX4869使其身体变小的罪魁祸首，亦是柯南所面对的主要敌人之一。
伏特加(Vodka)：最早登场的黑衣组织成员之一，琴酒的搭档。完全服从琴酒且经常一起行动，尊称琴酒为“大哥”。
贝尔摩德(Vermouth)：黑衣组织重要成员，真实身份是美国女明星莎朗·温亚德。因某种原因恢复年轻或停止衰老(具体原因至今不详)，而后对外宣称为“莎朗的女儿”克丽丝·温亚德。擅长易容术与变声术，各方面能力出众。在组织中负责收集重要的情报，是“那位先生”欣赏的人。经常单独行动，被称为“神秘主义者”。早年与工藤有希子在黑羽盗一(第一代怪盗基德)门下学习易容，成为朋友。曾易容为杀人魔后，被工藤新一、毛利兰救下。知道江户川柯南和灰原哀的真实身份，却并没有上报组织。认为柯南是可以摧毁组织的“银色子弹。
基尔(Kir)、即水无怜奈：真名本堂瑛海，伊森·本堂的女儿，本堂瑛祐的姐姐。真实身份是CIA派入黑衣组织进行卧底调查的谍报员，组织代号“基尔(Kir)”。表面身份为日卖电视台女主播(已辞职)。曾于一次暗杀行动中遭遇车祸昏迷，受到FBI保护。之后在FBI的协助下重新进入组织继续卧底，并答应向FBI提供组织情报，条件是FBI对弟弟本堂瑛祐进行保护。
基安蒂(Chianti)：黑衣组织中的狙击手，与科恩搭档，有效射程600码(1码(yd)=0.9144米(m)，600码=548.64米)，实力强劲。左眼有凤尾蝶图案纹身并且常画很重的眼影。性格激进，痛恨对卡尔瓦多斯见死不救的贝尔摩德。
科恩(Korn)：黑衣组织的狙击手，与基安蒂搭档。狙击技术出众，能力在600码左右。性格冷酷、沉默寡言。参与过多次暗杀行动。
波本(Bourbon)、即安室透：本名降谷零，化名安室透。真实身份为日本公安警察派入黑衣组织的卧底，组织代号“波本”(Bourbon)。表面职业为私家侦探、餐厅服务生，在毛利侦探事务所楼下的波洛咖啡厅打工，并拜毛利小五郎为师。擅长搜集情报，有极强的观察力与推理能力。与FBI搜查官赤井秀一相互厌恶，因此伪装成伤疤赤井来观察赤井秀一是否已死。为了调查毛利小五郎与雪莉是否有关联而接近毛利，后对柯南的身份产生了兴趣。对FBI成员进行了一系列试探，推断出赤井秀一未死和赤井假扮为冲矢昴活动。由赤井秀一揭晓其真名和日本公安警察的身份。
宫野志保，黑衣组织研究人员，代号雪莉（sherry）研究出让人变小的APTX4869之后，由于姐姐宫野明美。被琴酒杀了想要逃离组织，吃下了自己研发的药变小以后化名灰原哀。
铃木园子：铃木财团千金小姐，超级富豪。
京极真：空手道高手，超级赛亚人。
黑羽盗一（初代怪盗基德）世界顶尖怪盗。
黑羽快斗：父亲失踪后成为了新的怪盗基德。
中森青子：快斗同班同学兼青梅竹马。
阿笠博士：工藤一家的邻居，是个科学家，跟新一父亲工藤优作关系不错。
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